El programa 'Colegio Deportivo 2012-2013', busca distinguir a aquellos centros que conceden una importancia especial a la actividad física y la práctica deportiva y, por tanto, favorecen la participación de sus alumnos en los Juegos Deportivos. 

A esta tercera convocatoria se presentaron 42 centros educativos (32 públicos y 10 concertados) y, finalmente, los 15 seleccionados como 'Colegio Deportivo 2012-2013' fueron el CPC Colegio Alcaste (sede de Nalda); CEIP Casalarreina; IES Ceso Díaz de Arnedo; CPC Compañía de María (Enseñanza) de Logroño; CEIP Doctor Castroviejo de Logroño; CEIP González Gallarza de Lardero; y CEIP Eduardo Gonzalo de Berceo de Villamediana. 

También el CEIP Gregoria Artacho de Cenicero; IES Hermanos D'Elhuyar de Logroño; CEIP José Ortega Valderrama de Pradejón; CPC La Salle-El Pilar de Alfaro; CEIP Milenario de la Lengua Castellana de Logroño; CEIP Sáenz de Tejada de Quel; CPC Santa Teresa de Calahorra; y CEIP Siete Infantes de Lara de Logroño. De estos 15 centros, 4 han obtenido la distinción por primera vez: CIP Casalarreina, CEIP Doctor Castroviejo de Logroño, CEIP Milenario de la Lengua de Logroño y CEIP Sáenz de Tejada de Quel. 

Los centros han recibido una placa identificativa como 'Colegio Deportivo 2012-2013', un vale deportivo de 600 euros canjeable en Ferrer Sport Center y un vale de 200 euros canjeable por material bibliográfico a canjear en cualquier librería Santos Ochoa. Además, de los 42 centros que se presentaron (8 más que el año pasado), 39 de ellos recibieron el pasado mes de septiembre un vale de 200 euros para material deportivo (canjeable en Deportes Ferrer), puesto que justificaron su proyecto dentro del plazo estipulado.